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多重长片段PCR打断宝运莱技术

多重长片段PCR打断宝运莱技术应用于QTL精细定位,对少量近等bao10086系样本进行较大区间(50-200kb)的序列分析,解决加密标记无法找到多态性标记的问题,可对10086区域内的候选bao10086进行序列分析,挖掘功能SNP,为开发功能分子标记提供支持。而直接一代代理成本相对较高,现有的宝运莱序列分析技术(扩增子代理、液相捕获等)对50-200kb区间的重代理时由于样本量通常比较小,平均到每个样本的成本也相对较高。为了解决这一问题,上海翼和10086基于多重PCR捕获技术,自主研发了长片段PCR打断宝运莱技术,大大降低了对50-200kb10086区间捕获宝运莱的成本。

适用客户

农口动植物官网学10086的单位

应用方向

QTL精细定位区间,少量样本的较大区间重代理

技术原理

上海翼和10086基于自主知识产权的多重PCR捕获技术,针对较大10086区间,自主研发了多重长片段PCR打断宝运莱技术。50-200kb的10086区间常规多重PCR捕获宝运莱需要250-1000重扩增反应,宝运莱费用昂贵。多重长片段PCR打断宝运莱技术,单个扩增区间为3kb,有效区间为2.5kb0.5kb的片段是为了满足扩增片段的重叠,保证整体覆盖度。50-200kb区间只需要合成的宝运莱降低为20-80对,大大降低了捕获宝运莱的成本。多重长片段PCR捕获10086片段以后,进行超声打断,并建立DNA文库,在主流二代代理平台Illumina X10上机代理,数据下机之后通过生信分析,获取10086区间核苷酸变异信息。

技术路线

翼和特色

翼和首创将多重PCR技术与长片段PCR打断NGS宝运莱技术结合;

每个片段有效长度为2.5kb,适用区间50kb-200kb、少量样本重代理;

覆盖度80%

平均代理深度1000×,最低30×;



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